| RK | Name | H/L | Time | Gap | Q |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Huy Hoang Nguyen (2000)VIETNAM | 03:52.09 98.690% | - | D4 | |
| 2 | Betlehem Dávid (2003)Balaton ÚK Veszprém | 03:55.56 99.527% | 03.47 | D5 | |
| 3 | Rasovszky Kristóf (1997)Balaton ÚK Veszprém | 03:56.10 97.730% | 04.01 | D3 | |
| 4 | Kalmár Ákos (2000)Balaton ÚK Veszprém | 03:56.94 97.857% | 04.85 | D6 | |
| 5 | Kovacsics Márk (2002)Újpesti Torna Egylet | 03:56.95 99.294% | 04.86 | D2 | |
| 6 | Verrasztó Dávid (1988)FTC | 03:57.04 97.407% | 04.95 | D7 | |
| 7 | Zombori Gábor (2002)Újpesti Torna Egylet | 03:58.13 95.552% | 06.04 | D1 | |
| 8 | Mészáros Dániel (2004)FTC | 03:58.77 97.334% | 06.68 | D8 | |
| 9 | Huu Kim Son Nguyen (2002)VIETNAM | 03:59.09 97.386% | 07.00 | T1 | |
| 10 | Sárkány Zalán (2003)Kőbánya Sport Club | 03:59.54 97.676% | 07.45 | T2 | |
| 11 | Hartmann Máté (2005)Pécsi Sport Nonprof. | 04:00.00 100.386% | 07.91 | ||
| 12 | Hambardzumyan Arshak (2004)Újpesti Torna Egylet | 04:00.25 101.738% | 08.16 | ||
| 13 | Tabi Zoltán (2002)FTC | 04:01.85 98.357% | 09.76 | ||
| 14 | Flück Barnabás (2003)A Jövő SC | 04:02.74 98.269% | 10.65 | ||
| 15 | Gálicz László (2004)FTC | 04:03.05 98.399% | 10.96 | ||
| 16 | Pintér Ádám (2004)Balaton ÚK Veszprém | 04:04.38 98.576% | 12.29 | ||
| 17 | Farkas Tamás (1995)Szegedi Úszó Egylet | 04:04.60 100.883% | 12.51 | ||
| 18 | Demjén Bátor (2003)BÁCSVÍZ SC | 04:05.86 101.467% | 13.77 | ||
| 19 | Juhász-Dóra Richárd (2005)Kőbánya Sport Club | 04:06.02 98.628% | 13.93 | ||
| 20 | Herashchenko Nazar (2004)UKRAJNA | 04:06.42 98.647% | 14.33 | ||
| 21 | Hosszú Máté (2006)Győri Úszó Sportegyesület | 04:06.52 99.593% | 14.43 | ||
| 22 | Szedlák Gellért Vajk (2004)Darnyi Tamás SC | 04:06.57 99.178% | 14.48 | ||
| 23 | Poteczin Dániel (2006)Érdi Vízisport Kft | 04:07.96 100.967% | 15.87 | ||
| 24 | Dort Máté (2003)DKSE Dunaújváros | 04:08.25 98.690% | 16.16 | ||
| 25 | Krstulovic Vladimir (2005)Győri Úszó Sportegyesület | 04:08.35 99.620% | 16.26 | ||
| 26 | Kennedy Valér Huba (2005)Győri Úszó Sportegyesület | 04:08.36 98.612% | 16.27 | ||
| 27 | Tóth Benedek Viktor (2006)Kőbánya Sport Club | 04:08.47 99.600% | 16.38 | ||
| 28 | Pigler Attila (2003)Érdi Vízisport Kft | 04:09.24 99.847% | 17.15 | ||
| 29 | Tohl Dániel Antal (2005)Érdi Vízisport Kft | 04:09.71 100.431% | 17.62 | ||
| 30 | Gálicz Péter (2000)FTC | 04:10.25 99.251% | 18.16 | ||
| 31 | Szentpéteri Márk (2004)BVSC-Zugló | 04:11.25 100.084% | 19.16 | ||
| 32 | Deák Levente (2005)Soproni Széchy T. SI | 04:11.35 97.203% | 19.26 | ||
| 33 | Pál Vince (2005)Újpesti Torna Egylet | 04:12.31 102.666% | 20.22 | ||
| 34 | Povarnitsyn Alexandr (2004)BVSC-Zugló | 04:14.30 92.845% | 22.21 | ||
| 35 | Gál Dávid (2006)Darnyi Tamás SC | 04:16.03 97.845% | 23.94 | ||
| 36 | Ozsvárt Bence (2005)Parafa Úszó Klub | 04:16.42 96.459% | 24.33 | ||
| 37 | Takács Fábió (2004)Komáromi Úszóklub SE | 04:17.00 96.555% | 24.91 | ||
| 38 | Bencsik Emil Henrik (2005)Érdi Vízisport Kft | 04:17.36 100.649% | 25.27 | ||
| 39 | Barabás Imre Dávid (2004)Balaton ÚK Veszprém | 04:17.51 99.304% | 25.42 | ||
| 40 | Deák Gergely (2007)A Jövő SC | 04:17.72 99.024% | 25.63 | ||
| 41 | Bendyuzhenko Mykhaylo (2005)UKRAJNA | 04:21.09 97.507% | 29.00 | ||
| 42 | Járomi Benjamin (2007)Vasas Sport Club | 04:21.56 98.522% | 29.47 | ||
| - | Márton Richárd (1999)Budapesti Honvéd | DNS - | |||