| RK | Name | H/L | Time | Gap | Q |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Márton Richárd (1999)Budapesti Honvéd | 04:07.28 - | - | D4 | |
| 2 | Rosipal Adam (1999)Slovakia | 04:10.16 94.403% | 02.88 | D5 | |
| 3 | Hambardzumyan Arshak (2004)Újpesti Torna Egylet | 04:12.78 94.785% | 05.50 | D3 | |
| 4 | Deák Levente (2005)Soproni Széchy T. SI | 04:13.27 96.417% | 05.99 | D6 | |
| 5 | Hosszú Máté (2006)Győri Úszó Sportegy. | 04:14.04 96.530% | 06.76 | D2 | |
| 6 | Kennedy Valér Huba (2005)Győri Úszó Sportegy. | 04:14.37 96.159% | 07.09 | D7 | |
| 7 | Pál Vince (2005)Újpesti Torna Egylet | 04:15.24 98.839% | 07.96 | D1 | |
| 8 | Poteczin Dániel (2006)Érdi Vízisport Kft | 04:15.29 96.907% | 08.01 | D8 | |
| 9 | Pápai Olivér (2009)Győri Úszó Sportegy. | 04:18.14 101.661% | 10.86 | T1 | |
| 10 | Buda Levente (2008)Győri Úszó Sportegy. | 04:20.48 98.031% | 13.20 | T2 | |
| 11 | Baumann Marcell (2006)Győri Úszó Sportegy. | 04:20.79 97.027% | 13.51 | ||
| 12 | Mizsey Péter Pál (2007)Budafóka XXII. SE | 04:30.60 98.041% | 23.32 | ||
| 13 | Nagy Kristóf (2009)Győri Úszó Sportegy. | 04:39.20 102.765% | 31.92 | ||
| 14 | Bánóczy Marcell (2008)Soproni Széchy T. SI | 04:45.90 100.276% | 38.62 | ||
| 15 | Kádár Lőrinc (2008)Soproni Széchy T. SI | 04:47.14 99.857% | 39.86 | ||
| 16 | Pannonhalmi Lázár Elemér (2011)Győri Úszó Sportegy. | 05:09.74 97.192% | 01:02.46 | ||
| 17 | Péntek Márk László (2008)Sárvári Gyógyfürdő | 05:15.97 98.156% | 01:08.69 | ||
| - | Hajagos Ákos (2004)Darnyi Tamás SC | DNS - | |||