| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3 | Fazekas Gábor (2006)Budaörsi Sport Club | 01:05.07 | - | 438 | |
| 2 | 4 | Kamaroudis Markos Zsombor (2008)Darnyi Tamás SC | 01:05.54 | 00.47 | 429 | |
| 3 | 5 | Horváth Frank Szilveszter (2009)A Jövő SC | 01:06.19 | 01.12 | 416 | |
| 4 | 6 | Takács Nimród (2007)A Jövő SC | 01:06.53 | 01.46 | 410 | |
| 5 | 7 | Gajdics Balázs (2008)Újpesti Torna Egylet | 01:06.59 | 01.52 | 409 | |
| 6 | 2 | Csillik Béla Milán (2008)Vasas Sport Club | 01:06.98 | 01.91 | 402 | |
| 7 | 8 | Squor-Juhász Áron (2009)BVSC-Zugló | 01:08.56 | 03.49 | 375 | |
| 8 | 1 | Kerekes Máté (2005)Váci Ifjúsági SE | 01:12.16 | 07.09 | 321 |