| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 4 | Deák Gergely (2007)A Jövő SC | 53.84 | - | 659 | |
| 2 | 5 | Szappanos Kristóf (2007)Budaörsi Sport Club | 54.91 | 01.07 | 621 | |
| 3 | 6 | Sámóczi Milán (2005)Vasas Sport Club | 56.02 | 02.18 | 585 | |
| 4 | 1 | Ozsvárt Gábor (2009)Parafa Úszó Klub | 56.55 | 02.71 | 568 | |
| 5 | 2 | Koroncai Mátyás (2008)BVSC-Zugló | 56.58 | 02.74 | 568 | |
| 6 | 7 | Csaba György (2008)BVSC-Zugló | 56.77 | 02.93 | 562 | |
| 7 | 0 | Biben Botond (2009)BVSC-Zugló | 57.67 | 03.83 | 536 | |
| 8 | 8 | Koncz Márton (2008)Budaörsi Sport Club | 57.97 | 04.13 | 528 | |
| 9 | 9 | Szeredi Bence (2008)Vasas Sport Club | 59.40 | 05.56 | 490 | |
| - | 3 | Fazekas Gábor (2006)Budaörsi Sport Club | DNS |