| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 4 | Gyuricza Zsombor (2014)Budapesti Honvéd SE | 40.55R:0.64 | - | 137 | |
| 2 | 1 | Barna Alfréd (2013)Csepeli Öttusa Vizis | 40.89R:0.53 | 00.34 | 133 | |
| 3 | 7 | Dilingai Nimród (2013)Budapesti Honvéd SE | 41.72R:0.76 | 01.17 | 125 | |
| 4 | 5 | Vesztergom Dániel (2014)Darnyi Tamás SC | 42.65R:0.67 | 02.10 | 117 | |
| 5 | 3 | Renczés Levente (2014)Kőbánya Sport Club | 43.15R:0.68 | 02.60 | 113 | |
| 6 | 2 | Oláh Simon (2015)Hatvani Úszó Klub SE | 43.47R:0.71 | 02.92 | 111 | |
| 7 | 8 | Szabó Áron (2016)Hatvani Úszó Klub SE | 44.55 | 04.00 | 103 | |
| 8 | 9 | Gelegonya Levente (2016)Budapesti Honvéd SE | 46.82 | 06.27 | 89 | |
| 9 | 6 | Csizmár Martin (2013)Hatvani Úszó Klub SE | 48.02R:0.76 | 07.47 | 82 | |
| 10 | 0 | Lengyel Zétény (2015)Hatvani Úszó Klub SE | 49.13R:0.87 | 08.58 | 77 |