| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | Kertész Kolos (2014)Kecskeméti Junior Sport Nonprofit KFT. | 43.74 | - | 109 | |
| 2 | 7 | Kardos Tibor Kristóf (2015)FTC | 44.89 | 01.15 | 101 | |
| 3 | 4 | Győrffy Kende (2015)II. Kerületi Sport | 45.37 | 01.63 | 97 | |
| 4 | 1 | Zsidai Dániel (2016)FTC | 45.64 | 01.90 | 96 | |
| 5 | 3 | Megyeri Marcell (2014)Kecskeméti Junior Sport Nonprofit KFT. | 45.83 | 02.09 | 94 | |
| 6 | 6 | Szederkényi Máté (2015)II. Kerületi Sport | 46.69 | 02.95 | 89 | |
| 7 | 5 | Urbán Mirkó (2015)FTC | 47.60 | 03.86 | 84 | |
| 8 | 8 | Kardos Benedek Vid (2016)II. Kerületi Sport | 48.89 | 05.15 | 78 |