| RK | Name | H/L | Time | Gap | Q |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Kováts Alex (2006)Kaposvári SI | 04:38.73 96.004% | - | D4 | |
| 2 | Gál Dávid (2006)Darnyi Tamás SC | 04:41.20 101.038% | 02.47 | D5 | |
| 3 | Kovács Botond (2007)BVSC-Zugló | 04:41.62 100.128% | 02.89 | D3 | |
| 4 | Kovács-Seres Hunor (2006)DKSE Dunaújváros | 04:41.81 97.236% | 03.08 | D6 | |
| 5 | Zanyi Ferdinánd Tamás (2007)Lőrinc Swim Team | 04:42.09 101.453% | 03.36 | D2 | |
| 6 | Rieger Örs István (2006)FTC | 04:46.24 100.666% | 07.51 | D7 | |
| 7 | Buda Levente (2008)Győri Úszó Sportegy. | 04:47.65 99.060% | 08.92 | D1 | |
| 8 | Jakab Máté (2006)Egri Úszó Klub | 04:47.96 101.552% | 09.23 | D8 | |
| 9 | Kárpáti Máté (2008)Újpesti Torna Egylet | 04:49.19 100.680% | 10.46 | T1 | |
| 10 | Grandpierre Krisztián (2007)FTC | 04:52.08 103.012% | 13.35 | T2 | |
| 11 | Rajcsányi Boldizsár (2007)Lőrinc Swim Team | 04:52.29 101.003% | 13.56 | ||
| 12 | Honti-Pecora Sebestyén (2007)Darnyi Tamás SC | 04:53.39 100.855% | 14.66 | ||
| 13 | Tóth Olivér (2007)Újpesti Torna Egylet | 04:53.53 99.417% | 14.80 | ||
| 14 | Baumann Marcell (2006)Győri Úszó Sportegy. | 04:55.33 100.465% | 16.60 | ||
| 15 | Szabó-Kiss Zétény (2007)Móri Úszó Egyesület | 04:55.55 100.842% | 16.82 | ||
| 16 | Juhász Milán (2007)Móri Úszó Egyesület | 04:57.46 100.704% | 18.73 | ||
| 17 | Adorján Zalán (2007)SZVUK (régi) | 04:57.68 104.191% | 18.95 | ||
| 18 | Járomi Benjamin (2007)Vasas Sport Club | 04:59.15 95.846% | 20.42 | ||
| 19 | Vörös Zsombor (2007)Keszthelyi Kiscápák | 05:03.14 101.912% | 24.41 | ||
| 20 | Szabó Gergő (2008)Sárvári Gyógyfürdő | 05:03.27 102.288% | 24.54 | ||
| 21 | Eszenyi Mór (2007)Balaton ÚK Veszprém | 05:03.93 100.537% | 25.20 | ||
| 22 | Koncz Márton (2008)Budaörsi Sport Club | 05:04.44 100.177% | 25.71 | ||
| 23 | Csaba György (2008)BVSC-Zugló | 05:05.57 101.314% | 26.84 | ||
| 24 | Kurucz Péter (2008)DKSE Dunaújváros | 05:10.39 99.971% | 31.66 | ||
| 25 | Reisz Dániel (2006)Békéscsaba Előre Úsz | 05:11.20 99.978% | 32.47 | ||
| 26 | Juhász Soma Andor (2008)Budapesti Honvéd | 05:11.23 100.228% | 32.50 | ||
| 27 | Varga Benedek (2006)Móri Úszó Egyesület | 05:12.04 99.926% | 33.31 | ||
| 28 | Bereczi Áron (2007)Kiskunhalasi ÚGYE | 05:12.51 99.226% | 33.78 | ||
| - | Nagy Bence (2007)Magnetic | DSQ - | |||
| - | Dér Máté (2007)Békéscsaba Előre Úsz | DNS - | |||
| - | Koroncai Mátyás (2008)BVSC-Zugló | DNS - | |||
| - | Páva Szabolcs (2006)A Jövő SC | DNS - | |||