| RK | Name | H/L | Time | Gap | Q |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Kaiser Dominik (2007)Újpesti Torna Egylet | 04:08.87 98.640% | - | D4 | |
| 2 | Buda Levente (2008)Győri Úszó Sportegy. | 04:10.12 97.651% | 01.25 | D5 | |
| 3 | Deák Gergely (2007)A Jövő SC | 04:10.35 96.626% | 01.48 | D3 | |
| 4 | Kakuk Koppány Zéta (2008)Kaposvári SI | 04:10.38 96.413% | 01.51 | D6 | |
| 5 | Kárpáti Máté (2008)Újpesti Torna Egylet | 04:10.49 99.740% | 01.62 | D2 | |
| 6 | Csaba György (2008)BVSC-Zugló | 04:11.04 100.688% | 02.17 | D7 | |
| 7 | Pápai Olivér (2009)Győri Úszó Sportegy. | 04:11.43 98.935% | 02.56 | D1 | |
| 8 | Palkovics Olivér (2007)Lőrinc Swim Team | 04:11.73 100.706% | 02.86 | D8 | |
| 9 | Szappanos Kristóf (2007)Budaörsi Sport Club | 04:13.19 100.303% | 04.32 | T1 | |
| 10 | Pittlik Zsigmond (2008)Darnyi Tamás SC | 04:14.41 99.937% | 05.54 | T2 | |
| 11 | Nagy-Selmeczy Bulcsú (2007)Zalaco ZÚK | 04:14.93 99.705% | 06.06 | ||
| 12 | Varga Levente (2008)Vasas Sport Club | 04:15.35 99.528% | 06.48 | ||
| 13 | Takács Botond (2008)FTC | 04:17.31 99.019% | 08.44 | ||
| 14 | Bor Tamás László (2008)DKSE Dunaújváros | 04:17.67 104.062% | 08.80 | ||
| 15 | Huszár László (2007)FTC | 04:18.79 99.616% | 09.92 | ||
| 16 | Nemes Ármin Boldizsár (2009)Kőbánya Sport Club | 04:19.39 99.788% | 10.52 | ||
| 17 | Bercse Bence (2007)Győri Úszó Sportegy. | 04:19.62 100.027% | 10.75 | ||
| 18 | Rajcsányi Boldizsár (2007)Lőrinc Swim Team | 04:20.97 100.783% | 12.10 | ||
| 19 | Páva Olivér (2008)A Jövő SC | 04:21.36 99.065% | 12.49 | ||
| 20 | Bégányi Ábel (2008)Bátori Sárkány ÚE | 04:21.43 100.544% | 12.56 | ||
| 21 | Huszti Márton (2009)Darnyi Tamás SC | 04:22.41 99.767% | 13.54 | ||
| 22 | Bögözi Hunor (2007)Kaposvári SI | 04:22.69 99.035% | 13.82 | ||
| 23 | Májlinger Bence (2007)Pécsi Sport Nonprof. | 04:23.22 98.956% | 14.35 | ||
| 24 | Törő Ármin (2009)A Jövő SC | 04:24.36 99.288% | 15.49 | ||
| 25 | Sudár Norbert (2009)Újpesti Torna Egylet | 04:24.49 97.030% | 15.62 | ||
| 26 | Markovics Benedek (2007)DKSE Dunaújváros | 04:24.52 99.856% | 15.65 | ||
| 27 | Nagy-Benedek Olivér (2008)Békéscsaba Előre Úsz | 04:24.87 101.616% | 16.00 | ||
| 28 | Zelenai Zénó (2008)BVSC-Zugló | 04:26.10 99.166% | 17.23 | ||
| 29 | Kurucz Péter (2008)DKSE Dunaújváros | 04:27.27 102.952% | 18.40 | ||
| 30 | Csiki Brúnó Domonkos (2008)Ybl Waterpolo Club | 04:28.65 98.947% | 19.78 | ||
| 31 | Szedlák Csanád Bátor (2008)Darnyi Tamás SC | 04:29.44 100.598% | 20.57 | ||
| 32 | Szánti Gergely (2008)Hullám 91 | 04:30.18 101.040% | 21.31 | ||
| 33 | Sipos Levente (2007)Bálinti Úszó Egyes. | 04:30.73 100.755% | 21.86 | ||
| 34 | Treuer Ádám (2008)Érdi Vízisport Kft | 04:30.74 99.945% | 21.87 | ||
| 35 | Pintér Levente (2009)Bohóchal Egyesület | 04:33.03 100.601% | 24.16 | ||
| 36 | Chenhao Yao (2008)Ybl Waterpolo Club | 04:33.38 100.971% | 24.51 | ||
| 37 | Tarsoly Zsolt (2008)BÁCSVÍZ SC | 04:34.59 100.406% | 25.72 | ||
| 38 | Szabó Gergő (2008)Sárvári Gyógyfürdő | 04:35.67 99.537% | 26.80 | ||
| 39 | Pásztor Hunor (2008)Miskolci Sportiskola | 04:36.02 98.894% | 27.15 | ||
| - | Hidy Márió Ferenc (2007)Soproni Széchy T. SI | DNS - | |||