| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 5 | Bojó Marcell (2011)Érdi Vízisport Kft | 44.24R:0.71 | - | 150 | |
| 2 | 4 | Csizmadia Ambrus Zoltán (2014)Tiszakécskei Vízisport Klub | 47.18R:0.75 | 02.94 | 124 | |
| 3 | 2 | Hörich Misa Sámuel (2016)Bohóchal | 47.19R:0.58 | 02.95 | 124 | |
| 4 | 0 | Barbély Levente (2015)Debreceni Sportc. SI | 47.62R:0.69 | 03.38 | 120 | |
| 5 | 3 | Varga Márton Patrik (2016)Budapesti Honvéd SE | 47.98R:0.94 | 03.74 | 118 | |
| 6 | 1 | Táska Olivér (2016)Ferencvárosi Torna Club | 48.80R:0.97 | 04.56 | 112 | |
| 7 | 7 | Kardos Benedek Vid (2016)II. Kerületi Sport | 48.83R:0.66 | 04.59 | 112 | |
| 8 | 9 | Győrffy Kende (2015)II. Kerületi Sport | 50.05R:0.69 | 05.81 | 104 | |
| 9 | 6 | Zsidai Dániel (2016)Ferencvárosi Torna Club | 50.24R:0.77 | 06.00 | 102 | |
| 10 | 8 | Pálinkás Szabolcs (2015)Tiszakécskei Vízisport Klub | 51.18R:0.56 | 06.94 | 97 |