| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 5 | Kaiser Dominik (2007)Újpesti Torna Egylet | 53.31 | - | 679 | |
| 2 | 4 | Horváth Simeon (2007)BVSC-Zugló | 53.43 | 00.12 | 674 | |
| 3 | 6 | Jafari Ali (2004)MÚSZ World Aquatics | 53.50 | 00.19 | 671 | |
| 4 | 8 | Eszes János Márk (2006)Újpesti Torna Egylet | 54.21 | 00.90 | 645 | |
| 5 | 2 | Fábián Lázár (2008)Szegedi Úszó Egylet | 54.67 | 01.36 | 629 | |
| 6 | 7 | Koroncai Mátyás (2008)BVSC-Zugló | 55.46 | 02.15 | 603 | |
| 7 | 1 | Eitler Péter Patrik (2008)Debreceni Sportc. SI | 56.58 | 03.27 | 568 | |
| - | 3 | Lakatos Bence (2005)Vasas Sport Club | DNS |