| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | Boros Timót (2015)BVSC-Zugló | 44.22R:0.8 | - | 154 | |
| 2 | 5 | Nagy-Varga Mátyás (2012)Hatvani Úszó Klub SE | 47.29R:0.84 | 03.07 | 126 | |
| 3 | 7 | Kónya Kristóf Noé (2015)BVSC-Zugló | 48.93R:0.86 | 04.71 | 113 | |
| 4 | 1 | Emmer Ábris (2014)II. Kerületi Sport | 49.01R:0.73 | 04.79 | 113 | |
| 5 | 4 | Dobák Milán Kolen (2014)A Jövő SC | 49.18R:0.7 | 04.96 | 112 | |
| 5 | 3 | Bayer Kilián (2015)Egri Vízilabda Klub | 49.18R:0.7 | 04.96 | 112 | |
| 7 | 8 | Büki Norbert János (2016)Ferencvárosi Torna Club | 50.78R:0.72 | 06.56 | 101 | |
| 8 | 6 | Zsidai Dániel (2016)Ferencvárosi Torna Club | 51.10R:0.76 | 06.88 | 99 |