| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 5 | Gyergyói Bence (2015)Szegedi Úszó Egylet | 48.95R:0.66 | - | 111 | |
| 2 | 3 | Hajdu Barnabás (2015)Szegedi Úszó Egylet | 49.40R:0.92 | 00.45 | 108 | |
| 3 | 4 | Iftime Matei (2016)Gloria Arad | 50.55R:0.79 | 01.60 | 101 | |
| 4 | 1 | Boca Rares (2014)Gloria Arad | 50.98R:0.87 | 02.03 | 98 | |
| 5 | 2 | Tichy-Rács Sámuel (2016)Szegedi Úszó Egylet | 53.31R:0.81 | 04.36 | 86 | |
| 6 | 7 | Olasz Gergő (2016)Hód Úszó SE | 53.55R:0.66 | 04.60 | 85 | |
| 7 | 0 | Héger Viktor (2016)Szegedi Úszó Egylet | 55.94R:0.91 | 06.99 | 74 | |
| 8 | 6 | Bozsér Áron Benedek (2016)NICS-HSÚVC | 56.58R:0.79 | 07.63 | 72 | |
| 9 | 8 | Teodorovic Bátor Zalán (2016)Hód Úszó SE | 01:01.46R:0.65 | 12.51 | 56 | |
| 10 | 9 | Szabó Zsigmond (2016)Szegedi Úszó Egylet | 01:02.28R:0.85 | 13.33 | 54 |