| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 6 | Könyű Merse Barnabás (2013)MATE - GEAC | 43.72 | - | 156 | |
| 2 | 2 | Gyuricza Zsombor (2014)Budapesti Honvéd SE | 44.04 | 00.32 | 152 | |
| 3 | 4 | Koncz Márk (2014)Budaörsi Sport Club | 44.87 | 01.15 | 144 | |
| 4 | 5 | Dobák Milán Kolen (2014)A Jövő SC | 47.58 | 03.86 | 121 | |
| 5 | 3 | Petrányi Zsombor (2015)DKSE Dunaújváros | 48.07 | 04.35 | 117 | |
| 6 | 9 | Ványa László (2014)MATE - GEAC | 49.52 | 05.80 | 107 | |
| 7 | 7 | Tatár Botond (2015)DKSE Dunaújváros | 49.82 | 06.10 | 105 | |
| 8 | 0 | Sipkó Márk (2013)Gigászok SE | 51.49 | 07.77 | 95 | |
| 9 | 8 | Ványa Domonkos (2016)MATE - GEAC | 52.83 | 09.11 | 88 | |
| - | 1 | Trávnyik Pál Donát (2015)Váci Vízmű SE | DNS |