| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 5 | Oláh Simon (2015)Hatvani Úszó Klub SE | 47.98R:0.58 | - | 118 | |
| 2 | 7 | Trávnyik Pál Donát (2015)Váci Vízmű SE | 48.70R:0.58 | 00.72 | 113 | |
| 3 | 6 | Süvegh Kende Barnabás (2012)Hullám 91 | 50.44R:0.68 | 02.46 | 101 | |
| 4 | 3 | Dilingai Nimród (2013)Budapesti Honvéd SE | 50.53R:0.23 | 02.55 | 101 | |
| 5 | 2 | Szentpéteri Botond (2015)Váci Vízmű SE | 50.80R:0.71 | 02.82 | 99 | |
| 6 | 4 | Gelegonya Levente (2016)Budapesti Honvéd SE | 50.93R:0.67 | 02.95 | 98 | |
| 7 | 0 | Lengyel Zétény (2015)Hatvani Úszó Klub SE | 53.43R:0.62 | 05.45 | 85 | |
| 8 | 1 | Csizmár Martin (2013)Hatvani Úszó Klub SE | 53.99R:0.2 | 06.01 | 82 | |
| 9 | 8 | Stettler Péter (2015)Hullám 91 | 56.64R:0.63 | 08.66 | 71 | |
| 10 | 9 | Pradel Gergő (2016)Csepeli Öttusa Vizis | 01:07.09R:0.56 | 19.11 | 43 |