| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 4 | Hartmann Máté (2005)Pécsi Sportiskola | 00:53.32 | - | 658 | |
| 2 | 2 | Varga Marcell (2010)DELFIN SE | 00:55.03 | 00:01.71 | 599 | |
| 3 | 5 | Fehérvári Edvárd (2008)Százhalombattai VUKSE | 00:55.41 | 00:02.09 | 587 | |
| 4 | 7 | Juhász Milán (2007)Móri Úszó Egyesület | 00:56.49 | 00:03.17 | 554 | |
| 5 | 1 | Vörös Zétény Zoltán (2011)FTC | 00:57.31 | 00:03.99 | 530 | |
| 6 | 0 | Kovács-Pimper Gergő (2012)Balaton ÚK Veszprém | 00:58.41 | 00:05.09 | 501 | |
| 7 | 9 | Kesztler Gábor György (2012)Százhalombattai VUKSE | 00:58.59 | 00:05.27 | 496 | |
| 8 | 8 | Hegedűs-Ari Mátyás (2009)Hullám 91 | 00:58.72 | 00:05.40 | 493 | |
| 9 | 3 | Major-Varga Trisztán (2008)Pécsi Sportiskola | 00:59.55 | 00:06.23 | 473 | |
| - | 6 | Magyar Péter József (2010)Pécsi Sportiskola | DSQ |