| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 7 | Sótér Bernát (2013)DKSE Dunaújváros | 45.17 | - | 141 | |
| 2 | 5 | Tóth Martin (2015)Szombathelyi SK SI | 47.30 | 02.13 | 123 | |
| 3 | 3 | Mezei Norbert (2014)DKSE Dunaújváros | 48.22 | 03.05 | 116 | |
| 4 | 9 | Hadas Mátyás (2015)Móri Úszó Egyesület | 48.53 | 03.36 | 114 | |
| 5 | 2 | Csikós Mátyás (2015)Szombathelyi SK SI | 48.64 | 03.47 | 113 | |
| 6 | 8 | Varga Bence (2015)Soproni Széchy T. SI | 50.12 | 04.95 | 103 | |
| 7 | 0 | Samu Boldizsár (2016)Soproni Széchy T. SI | 50.23 | 05.06 | 103 | |
| 8 | 6 | Alotti Gaál Emir (2015)Szombathelyi SK SI | 50.89 | 05.72 | 99 | |
| - | 1 | Náray Dániel (2014)Komáromi Úszóklub SE | DNS | |||
| - | 4 | Bausz Kevin (2014)Soproni Széchy T. SI | DNS |