| RK | LN | Name | Time | Gap | FINA | Q? |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 4 | Sóti-Tóth Gergő (2013)DKSE Dunaújváros | 49.81 | - | 105 | |
| 2 | 5 | Szeitner Szabolcs Nimród (2014) UNI Győri Úszó Sportegy. | 50.16 | 00.35 | 103 | |
| 2 | 3 | Bóka Benett (2016) UNI Győri Úszó Sportegy. | 50.16 | 00.35 | 103 | |
| 4 | 6 | Lehotay Andor (2015)Szombathelyi SK SI | 51.05 | 01.24 | 98 | |
| 5 | 2 | Végh Máté (2016) UNI Győri Úszó Sportegy. | 52.89 | 03.08 | 88 | |
| 6 | 0 | Rédeky Bence (2015)Keszthelyi Kiscápák | 01:03.59 | 13.78 | 50 | |
| - | 9 | Jónás Benedek (2014)Keszthelyi Kiscápák | DNS | |||
| - | 1 | Pirger Atilla (2016)Soproni Széchy T. SI | DNS | |||
| - | 7 | Dezső Albert Attila (2016)Keszthelyi Kiscápák | DNS | |||
| - | 8 | Jónás Bertalan (2016)Keszthelyi Kiscápák | DNS |